Az Apor Vilmos-emlékkiállítás célja, hogy bemutassa a vértanú főpásztor életútját, annak állomásait és mindenekelőtt a Jó Pásztorként vállalt életáldozatát.
A kiállítás egyik sajátossága maga a helyszín: a püspökvár tornya alatti terek, azok a pincetermek, ahol az asszonyok védelmet találtak, és a püspök vértanúsága is történt.
A földszinti terekben végigkísérjük Apor Vilmos életútját a születéstől a győri püspöki tevékenységéig. Az első teremben megismerjük az Apor-család történetét, arisztokrata gyökereit, a püspök szüleit és testvéreit. Bemutatjuk a neveltetését egészen az életre szóló döntésig: a pappá szentelésig. Ezt követően, egy kis folyosón képletesen kórházvonatra szállunk, ahol az ifjú lelkipásztor az I. világháború szörnyű következményeivel szembesült, elsősorban a sebesült, haldokló katonákkal való találkozásban.
A folyosó Apor Vilmos lelkipásztori tevékenységének első jelentős állomására, Gyulára vezet bennünket. Ebben a teremben képet kapunk arról a történelmi háttérről, amiben működését kezdte, valamint arról a széleskörű lelkipásztori és társadalmi tevékenységéről, ami által a papi hivatás eszményét megvalósítva, valóban Mindenkinek mindene lett.
A következő teremben megismerhetjük Apor Vilmos négy éves, időben szűknek tűnő, de munkában nagyon is bőnek bizonyuló győri időszakát. A második világháború nehéz körülményei között mindig megtalálta és felvállalta a legnehezebb feladatokat, nemcsak a főpásztori munkájában, de az országos társadalmi és politikai életben is. Kiemelkedő szerepet vállalt a zsidóság mentésében, amiről külön megemlékezünk ebben a térben.
A földszint utolsó két terme a háború alatti Győrt mutatja be. Az első, az 1944. áprilisi bombázásnak és annak áldozatainak állít emléket, a második pedig a frontvonalra került várost eleveníti meg.
A kiállítás egy szinttel lejjebb, azokban a történelmi pinceterekben folytatódik, ahol Apor püspök a valóságban is menedéket nyújtott az asszonyoknak és gyermekeknek. De nemcsak térben történik váltás, hanem a kiállítás koncepciójában és eszközrendszerében is. Itt elsősorban nem az ismeretátadásra helyezzük a hangsúlyt, hanem a püspök utolsó három napjának színházi eszközökkel történő megjelenítetésére, s egyben átélésére. A dísztelen térben megjelenített kehely és ostya szimbolikus megjelenítése egyaránt utal Krisztus nagycsütörtöki utolsó vacsora jelenetére, valamint Apor utolsó szentmiséjére is. A szemtanúk vallomása idézi fel Nagypénteket, azaz Krisztus kereszthalálát és Apor Vilmos önfeláldozó vértanúságát.
A lépcsőn felfelé haladva a kiállítás központi termébe jutunk, ahol Apor Vilmos ereklyéjét, valamint a mennyezeten lévő golyónyomokat láthatjuk. Elhangzanak a püspök utolsó szavai, amelyek mélységes hitéről, istenszeretetéről tanúskodnak. Gyermeki énekhang és fénysugár jelzi, hogy a Jóisten elfogadta Apor Vilmos áldozatát és a boldogok közé fogadta őt. A látogatók az Apor-sírt körbevevő angyalok kíséretében vihetik magukkal a vértanú püspöknek, a Jó Pásztornak emlékét, aki életét adta juhaiért.
A tárlat a legmodernebb kiállítás-technikai eszközökkel kelti életre Apor Vilmos korát és a püspök személyes életútját. Narráció meséli el a történéseket és Apor Vilmos saját szavai is elhangzanak az egyes termekben. Vetített fényképek, dokumentum-és játékfilm-részletek, valamint különböző fény- és hanghatások segítik a megértést, az átélést. A kiállításhoz külön zenemű is született, illetve a kiemelkedő fontosságú részek történéseit népének- és liturgikus zenei dallamok kísérik.