Az egyházmegyei könyvtár kéziratanyagának nagy része különgyűjteményben található. Ugyanakkor számos azoknak a kéziratoknak a száma, amelyek az 1872-es elhelyezés során a nyomtatott könyvek között maradtak. A kéziratok közt összefüggő egységként szerepel az intézmény középkori kódexállománya, közöttük Magyarország egyik legnagyobb kódexe, a  Zalka-antifonálé, illetve egy Mátyás király könyvtárából származó korvina is. Fontos részét képezi az állománynak a kódextöredékek, amelyek többségét könyvek kötéséhez használtak fel, s onnan restaurálás során lefejtésre kerültek. Győr földrajzi helyzetéből következően a kéziratok között sok a német nyelvű kötet. Az állomány sokszínűségét jelzi, hogy található benne motetta- és énekgyűjtemény, 16. századi magyar nyelvemlék, s itt őrzik Verancsics Antal egy leveleskönyvét, valamint Nyéki Vörös Mátyás versbejegyzéseit. Fontos tételei a különgyűjteménynek a a soproni barokk vallásos társulatok albumai, valamint a győri jezsuita kollégium 18. századi diáriuma.