A győri káptalan magánlevéltárának úgynevezett Törzsanyagát (1527–1889) Ebenhöch Ferenc kanonok rendezte egy sajátos, ma már szokatlannak tűnő elv szerint: a legértékesebbnek vélt nagyméretű iratokat kibocsátójuk szerint sorba rakva nagyobb mappákba helyezte el (Cimeliotheca). Az emellett fontosabbnak vélt kisebb iratokat – az eredeti rendet többé-kevésbé megtartva – ún. Thecákba tette. A fennmaradó iratok csomók (fasciculus) formájában őrződtek meg. A iratanyag nagyrészt a káptalan birtokaival és jövedelmeivel kapcsolatos, de megtalálhatók kanonoki hagyatékból származó iratok és országgyűlési követjelentések is. A Feudális kori gazdasági iratsorozatban (1495–1842) a káptalan gazdálkodásáról és birtokkezeléséről alkothatunk teljes képet. Ebben található a levéltár egyik legféltettebb kincse, a káptalan középkori számadáskönyve, melyhez hasonló jelenleg csak egy ismert Magyarországon. A pápoci prépostság iratai (1528–1943) és a Szentadalberti prépostság iratai (1638–1827) nagyrészt a javadalmakkal és jövedelmekkel kapcsolatos jogbiztosító, peres és gazdasági iratokat őriznek. A levéltár emellett még számos kisebb sorozatot is őriz: Telek- és birtokkönyvek (1803–1869), Úriszéki iratok (18–20. sz.), Alapítványi iratok (18–20. sz.), Árvaházak iratai (18–20. sz.). Érdekes és ugyanakkor igen látványos sorozatot alkotnak a győri püspökök uralkodói kinevező iratai, melyek Zichy Ferenctől kezdve Zalka Jánosig itt őriztetnek. Itt található az I. Ferenc király által 1808-ban a győri káptalannak adományozott jelvény, az ún. Stella oklevele is. Több, 19-20. század fordulóján élt kanonok személyes irathagyatéka (Balics Lajos, Ebenhöch Ferenc, HoldházyJános, Mayrhofer József), is megmaradt, és kanonoki végrendeletekkel (1696–1940) is találkozhatunk. Meg kell még említeni a székesegyház európai hírű kottatárát (Archivum Musicale Cathedralis), mely csaknem kétezer, nagyrészt 18-19. századi kéziratos kottát rejt. E páratlan zenei gyűjtemény a székesegyházi karnagyok – különösen Istvánffy Benedek és Richter Antal – tudását és szorgalmát, valamint a kultúra iránt elkötelezett győri püspökök, elsősorban Zichy Ferenc és Sztankovits János bőkezűségét igazolja. A magánlevéltártól élesen elkülönül a hiteleshelyi levéltár. A hiteleshely a közjegyzőséghez hasonló jogintézmény: a káptalan egyrészt személyek megkeresésére, másrészt hatósági megbízásra közhitelű okleveleket állított ki jogi ügyekről. Ebben a levéltárban tehát az Észak-Dunántúl lakosainak peres ügyeiről tájékozódhatunk. Az iratanyagot Ebenhöch Ferenc kanonok a magánlevéltárnál már említett módon rendezte: Cimeliothecákba és Thecákba válogatta az általa értékesnek vélt iratokat, a megmaradtakat pedig az ún. Ladulákban hagyta. A hiteleshelyi iratok mellett számos, a köztörténet kutatói számára is érdekes levél került elő, sőt Naprághy Demeter erdélyi, majd győri püspök irathagyatékát, valamint a káptalan által vásárolt régi okmányokat is ide osztották be. A hiteleshelyi levéltárban a szálas iratanyag mellett három, kötetekből álló sorozat található. A Felvallási jegyzőkönyvek (1533–1850) a káptalan előtt megjelent személyek írásba foglaltatott jogi ügyleteit tartalmazza. A kanonokok által elvégzett birtokba iktatások (1580–1849) külön másolati kötetekben is kutathatók, a Végrendeleti könyvekbe pedig (1576–1719) a káptalannál zömmel győri polgárok által írásba foglaltatott végrendeleteket jegyezték be.