A levéltárban fennmaradt középkori okleveleket különgyűjteményben kezeljük, jelenleg csaknem 600 Mohács előtti oklevelünk több mint 1200 szöveget őriz. Hasonlóképpen külön gyűjtjük az iratok közül kiemelt térképeket is, számuk már meghaladta az 500-at. Mindkét gyűjtemény a levéltárban zajló iratrendezések miatt folyamatosan gyarapszik. Pecsétgyűjteményünkben elsősorban a püspöki és a káptalani levéltárban fennmaradt pecsétnyomók, valamint középkori pecsétmásolatok találhatók. Külön gyűjteményt hoztunk létre Boldog Apor Vilmos püspökre vonatkozólag, amelyben személyes és családi hagyatékán kívül a boldoggá avatatás iratai, fényképek és kultuszával kapcsolatos írások, kiadványok kaptak helyet. Levéltárunk rendelkezik Mikrofilmgyűjteménnyel is, amelyben az egyházmegye területén lévő plébániák régi anyakönyveiről és a régió több levéltárának elsősorban egyházi vonatkozású iratanyagáról rendelkezünk mikrofilmtekercsekkel.