A legkorábbi intakt iratanyag Keresztély Ágost győri püspöké (1697–1707), aki esztergomi érseki kinevezése után adminisztrátorként kormányozta az egyházmegyét (1707–1725). A püspöki levéltár legrégibb összefüggő anyaga ugyanakkor az ún. Capsarium, mely régi őrzési formájáról – a capsa jelentése zsák – kapta nevét, és elsősorban a püspöki uradalmak nagyrészt 17-18. századi birtokjogi és gazdasági iratait tartalmazza. A korabeli birtokigazgatási rendszernek megfelelően uradalmankénti csoportosításban maradtak ránk, ezek közül a legfontosabbak a győri, a keszői és a rákosi uradalmak iratai. Emellett úriszéki perek, a püspök prediális nemeseiről szóló iratok és 18–19. századi püspöki hagyatékok találhatók benne. Külön terjedelmes sorozatot képeznek az Úriszéki iratok (1744–1835), mely a püspöki uradalmakon élő és a püspök joghatósága alá tartozó személyek peres ügyeit tartalmazzák, valamint a győri püspök fennhatósága alá tartozó prediális nemesi Vecseszék 17–19. századi iratai is külön sorozatot képeznek. A régi egyházkormányzati iratokat Sztankovits János (1838–1848) püspök idején tematikus csoportokba rendezték, melyeket ezen belül évek szerint kötegeltek. Széchenyi Miklós püspök idején a sorozatok egységes új dekliket kaptak. Az Intimata (1725–1848) nagyobb részében a Helytartótanács, kisebb részében a Magyar Udvari Kancellária és a Magyar Kamara által a győri püspöknek megküldött egyházpolitikai és egyházkormányzati rendeleteiből áll, a Missilia (1790–1837) az egyházmegyei hatóságnál kiadásra került iratok fogalmazványait tartalmazza, melyeknek tárgykörei az egyházkormányzat egészét felölelik. A Parochialia (1629–1856) az egyházmegye egyes plébániáira vonatkozó iratanyagot tartalmaz, az egyes plébániák anyagi, dologi és hitéleti viszonyairól találhatunk értékes információkat. A Conscriptio proventuum parochialium (1690–1896) a plébániai jövedelmek összeírásával foglalkozik, a Templomszámadások (1768–1960) terjedelmes sorozata a plébánosok által beküldött zárszámadásokat, leltárokat tartalmazza. A Fundationes (1692–1856) nevű sorozatban elsősorban egyházi kezelésben lévő alapítványok alapító oklevelei és az ezekkel kapcsolatosan keletkezett iratok találhatók. Kiemelkedő értéket képviselnek az Egyházlátogatási jegyzőkönyvek (Visitationes canonicae) (1641–1934), melyek az egyes települések templomairól, plébániáiról és papjairól őriznek máshonnan nem nyerhető adatokat. A Personalia (1740–1837) a papság személyi ügyeire vonatkozó (pl. plébániai javadalmak betöltése, papság fegyelmi ügyei, püspöki dispozíciók) iratokat tartalmaz, míg a szerzeteseknek a megyéspüspökre tartozó ügyeit (pl. szentelés, más egyházmegye területére való elbocsátás, személyi és fegyelmi ügyek) az Ordines religiosi (1631–1872) foglalja magába. A Testamenta (1615–1856) nagyrészt egyházi, kisebb részben világi személyek végrendeleteit és hagyatéki ügyeinek iratait őrzi. A Dispensationes (1731–1837) nevű sorozatban elsősorban házassági akadály és kihirdetési kötelezettség alóli felmentéseket találhatunk, mellékleteiben olykor kisebb-nagyobb leszármazási táblával. A Miscellanea (1692–1837) sorozatba eredetileg a felállított kategóriákba be nem sorolható iratokat helyezték, ma nagyrészt a Buzás József püspöki levéltáros által visszarendezett egyházkormányzati iratok vannak 1838-tól 1856-ig. A Vegyes egyházkormányzati iratanyagok (17–20. sz.) című sorozat több tucat kisebb tematikus egységet tartalmaz: kinevezési és papszentelési iratokat, levelezéseket, összeírásokat, búcsúengedélyeket, házassági ügyeket stb. 1856-tól kezdődően indul a püspökség teljes kimenő és bejövő levelezését egyaránt tartalmazó terjedelmes Egyházkormányzati iratsorozat (1856–), melyen belül külön gyűjteményt alkotnak a Püspöki körlevelek (Litterae circulares). Az egyik legkutatottabb iratanyagunk az Anyakönyvi másodpéldányok sorozata, melyben 1895-től a matrikuláknak a plébánosok által a püspökségre beküldött másolatai találhatók. Az Iskolai Levéltár (1777–1949) az egyházmegye kezelésében lévő iskolákkal, az azokban oktató tanárokkal, illetve a mindezt felügyelő főhatósággal kapcsolatos iratokat tartalmazza. A püspöki szentszéki bíróság iratait a Szentszéki Levéltár (1600–20. sz.) őrzi, melynek jegyzőkönyvei országosan is egyedülálló módon már 1600-tól megmaradtak. A szálas iratanyagot a 19. század közepéig felperes-alperes alapján rendezték, utána évenként kötötték az aktákat csomókba. A forrásokban elsősorban házassági köteléki perek szerepelnek, de – leginkább a 18. század végéig – kinevezések, egyházi személyt érintő perek, útmenti kereszt vagy szobor állításának engedélyezése is fellelhető.