A levéltár több püspöki, kanonoki és papi iratgyűjteményt és hagyatékot őriz. A győri főpapi irathagyatékok sajnálatos módon nagyrészt megsemmisültek, ez alól kivételt Fetser Antal, Papp Kálmán és Pataky Kornél püspökök jelentenek. Papp Kálmán püspök hagyatékában kivételesen izgalmasak 1943 és 1957 között vezetett naplói. Holdházy János kanonok különleges hagyatéka (1337–1675) alig félszáz iratot tartalmaz, nagy részük az Erdélyi Fejedelemség idejéből. Balics Lajos, Bedy Vince, Mohl Adolf, Erőss István és Somogyi Antal hagyatékai elsősorban tudományos munkáik kéziratait és jegyzeteit tartalmazzák, de a Mohl-hagyaték számos, a kutatómunka során kiemelt eredeti iratot is rejtenek. A győri Szent Imre-templomot építtető Szelestey Béla terjedelmes visszaemlékezései nemcsak helytörténeti adatokat tartalmaznak, hanem a 20. századi magyar művészetet kutatók számára is érdekesek lehetnek. Továbbá letétként őrzi levéltárunk az Észak-Dunántúli Vízügyi Igazgatóság térképeit (1877–1963) is.