Szent István törvényben rögzítette, hogy az épülő templomok számára biztosítani kell a szertartásokhoz szükséges liturgikus tárgyakat és misekönyveket. Feltehetően ő is hozzájárult az első győri templom felszereléséhez, s ezt tették az egyházmegye későbbi püspökei és a patronáló világi urak is.  Sajnos, a korai évszázadokból nem maradt fenn tárgyi emlékünk. A kincstár legrégebbi darabja, egy elefántcsontból faragott kis tábla, Kálmán püspök (1337–1375) korából származik. Az első, győri főpásztorokhoz köthető tárgyak Csupor Demeter (1466–1480) és Nagylucsei Orbán (1481–1486) püspökök korából származnak. E két püspök hagyatékának megmaradt emlékei a Csupor-címeres gótikus kehely, illetve a Nagylucsei püspök által adományozott, Mátyás-címerrel díszített firenzei miseruha. A székesegyház középkori liturgikus tárgyai a török idők alatt nagyrészt elpusztulhattak. 
Az egyházlátogatási jegyzőkönyvek szerint azonban a 17. század végén és a 18. század elején a székesegyházban, illetve az egyházmegyében már jelentős számú liturgikus tárgyat használtak. Ezek a leírások számos, a kincstárban ma is meglévő műtárgyat említenek. Zichy Ferenc püspök (1743-1783) ideje alatt a székesegyház már nagyon jelentős gyűjteménnyel rendelkezett. Bár a napóleoni háborúk alatt jelentős károsodást szenvedett az állomány, a 19. század második felében Simor János (1857-1867) és Zalka János (1867-1901) püspököknek köszönhetően sok értékes tárggyal bővült a székesegyház felszerelése.
A két világháború kezdetén országszerte mozgalom indult az egyházi műtárgyak mentésére. Így a győri püspökségre is sok vidéki templom juttatta el értékes darabjait. A székesegyház liturgikus kincseiből, illetve az egyházmegyéből begyűjtött tárgyakból 1989-ben nyílt meg az Egyházmegyei Kincstár állandó kiállítása. Magyarország egyik legjelentősebb egyházi gyűjteményének legértékesebb darabjait 2022-től a bazilikában, a Jaurinum-székesegyházi kincstárban tekinthetik meg az érdeklődők.

A kincsek elrejtése és megtalálása

1975-ben a Magyar Nemzeti Múzeum munkatársai leltárt készítettek a győri székesegyházban, és meglepődve tapasztalták, hogy az 1936-os lajstromhoz képest majd' félszáz felbecsülhetetlen értékű darab hiányzik a kollekcióból. Megindult a kutatás az eltűnt műtárgyak után, és a helyi sajtó két évvel később már azok megtalálásról ír: "A győri székesegyház felszerelési és kegytárgyai közül harminc év óta több értékes darab ismeretlen helyen volt elrejtve. Szerencsés véletlen folytán a közeli napokban a negyvenhat műkincs teljesen ép állapotban napvilágra került." A cikk fényt derített az eltűnés okára is. Zágon József püspöki titkár – mielőtt 1949 januárjában elhagyta az országot – az új kommunista hatalom "gyűjtőszenvedélyétől" féltve, a győri püspökség legértékesebb műtárgyait két fémládába helyezte és a győri karmelita rendház kriptájában elfalazta. Az elrejtésről csak a karmelita szerzetes Pál atya tudott, aki hallgatási fogadalmat tett az ügy kapcsán.
1977-ben, amikor a kincsek lefoglalásától már nem kellett tartani, Zágon feloldotta Pál atya hallgatási tilalmát, s megkezdhették az elfalazott kriptafülke kibontását. A fémládákból teljes épségben került elő negyvenhat liturgikus műtárgy. A számos drágaköves püspöki gyűrű mellett, többek között Csupor Demeter gótikus kelyhét, Bornemissza Pál igazgyöngyökkel kivarrt reneszánsz mitráját és egy 14. századi elefántcsont faragványt rejtette a láda.
A történetről Galgóczy Erzsébet írt kisregényt „Szent Kristóf kápolnája” címmel, amelyből később film is készült.