A Győri Egyházmegyében 2000-ig két nyilvános magánlevéltár működött: a Győri Püspöki és Káptalani Levéltár, valamint a Soproni Társaskáptalan Levéltára. Előbbi már eleve több irategyüttest tömörített: a győri Püspökvár tornyában lévő győri püspökség levéltárát, valamint a győri káptalan magánlevéltárát, a pápoci prépostság és a győrhegyi Szent Adalbert prépostság iratait, amelyeket a székesegyház egyik karzati helyiségében őriztek. A Soproni Társaskáptalan Levéltára a legkisebb nyilvános magánlevéltárak egyike volt, az iratanyag mérete pedig nem tette indokolttá, hogy a fenntartó külön személyzetet és szervezetet biztosítson. Ezért a két levéltár 2000 augusztusában egyesült, ezekhez társult 2000 októberében a káptalan hiteleshelyi levéltára, amely Győr-Moson-Sopron Megye Győri Levéltárától került vissza. Miután Dr. Pápai Lajos megyéspüspök egy minden szempontból korszerű épületet bocsátott a levéltár rendelkezésére, sor kerülhetett az iratok átköltöztetésére. A munka oroszlánrészét 2000 áprilisában a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Bölcsészettudományi Kara Medievisztika Tanszékének tanárai és hallgatói végezték. A levéltár iratanyagának további bővülése szükségessé tette a raktárkapacitás bővítését, ezért 2013-ban a fenntartó egy új raktárhelyiséget bocsátott a levéltár rendelkezésére. A püspöki levéltár csak a 17. századtól őriz összefüggő iratanyagot, ennél korábbi dokumentumok csupán elvétve, véletlenszerűen maradtak fenn. 1592-ben a török közeledtének hírére a levéltárat elszállították, az iratok egy része megsemmisült, másik részét a győri káptalan és a Magyar Kamara Archívuma őrzi. A 18. század elejétől megmaradt iratokat Zichy Ferenc püspök (1743–1783) rendeztette. 1809-ben Napóleon Győrt ostromló seregei miatt tűz ütött ki a Püspökvárban, a levéltár iratait az ablakon kidobva mentették meg a pusztulástól. A súlyos károkat szenvedett archívumot Sztankovits János (1838–1848) püspök idején tematikus csoportokba rendezték, majd ezt váltotta fel Simor János (1857–1867) püspök alatt a korszerű iktatórendszerű iratkezelés. A püspökség gazdasági levéltára – az ún. jószágkormányzói iratok – egy 1910-ben a számvevőségi épületben keletkezett tűzvész során teljes mértékben megsemmisült. A II. világháborúban a vasúti vagonokba menekített és károkat szenvedett levéltárban Papp Kálmán (1945–1966) püspök rendelkezése szerint 1949-től 1957-ig Buzás József püspöki levéltáros végzett nagyszabású rendezőmunkát. A káptalani levéltárat a 17–18. században még a székesegyház sekrestyéjében tartották, később pedig a katedrális egyik karzati helyiségében helyezték el. A káptalani archívum jelenlegi formáját Zalka János püspök (1867–1901) megbízásából és bőkezű támogatásával Ebenhöch Ferenc győri kanonoknak 1874 és 1889 között elvégzett hatalmas rendezőmunkája nyomán nyerte el. Az iratok szisztematikus feldolgozását pedig a két világháború között Bedy Vince győri nagyprépost végezte el, amelynek eredménye a „Győregyházmegye múltjából” című sorozat köteteiben jelent meg. Rendező munkálatokat 1946 és 1953 között a neves irodalomtörténész, Jenei Ferenc püspöki és káptalani levéltáros is végzett. A soproni társaskáptalan iratait a 19. század közepén Hodich Ferenc soproni kanonok rendezte. 1945 márciusában a káptalanház bombatalálatot kapott, az iratok újrarendezésére azonban csak 1973-ban került sor.