Levéltárunk elsődleges gyűjtőköre a Győri Egyházmegye területe, amely a közép- és koraújkor idején Moson, Sopron és Vas megyéket, Győr (a Szigetköz, a Csilizköz és a Pannonhalmi Apátság birtokainak kivételével), Komárom (a Dunától délre eső rész) és Veszprém (Pápa és Devecser környéke) megyék egy részét foglalta magába. 1777-ben a vasvári főesperességet a szombathelyi, a pápai főesperességet a veszprémi püspökséghez csatolták. (Az új püspökségek létrejöttével az ezekre a területekre vonatkozó iratok nagy részét is elszállították.) A 20. században az egyházmegye területe többször is változott: 1920-ban a püspökség nyugati harmadát, 1947-ben Dunacsún, Horvátjárfalu és Oroszvár plébániákat szakították el. 1993-ban II. János Pál pápa Hungarorum gens kezdetű apostoli konstitúciója értelmében a Szigetköz az Esztergomi Főegyházmegyétől a Győrihez, Tatabánya környéke pedig a Győritől a Székesfehérvári Egyházmegyéhez került, továbbá határmódosítások történtek a Pannonhalmi Egyházmegyével is. Emellett természetesen a püspöknek és a káptalannak az egyházmegyén kívül lévő birtokaival – pl. Bácsa, Sárás, Révfalu (ma Győr részei), illetve Vámosszabadi, Püski, Balony (ma Baloň), Románd, Pápasalamon, Somlóvecse, Tüskevár, Vaszar, Káptalantóti, Zsid (ma Várvölgy) – kapcsolatban is őriz iratokat.